Ankara
Bilkent Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi Doç. Dr. Can Alkan, Horizon Europe "çığır açıcı teknolojiler" programından, virüs, bakteri ve insanoğlu genomu dizi analizini seyyar cihazlarla az maliyetle yaparak çabuk tanılama olanağına imkân sağlayacak geleceğin teknolojisi düşüncesince 3 milyon Avro bağış desteği aldı.
"BioPIM-Biyoenformatik Algoritmaları düşüncesince Bellekte İşleme Mimarileri ve Programlama Kütüphaneleri" adlı projede 4 ülkeden 7 araştırı grubunun toprak almış bulunduğu arsıulusal konsorsiyumun koordinatörü seçilen Bilkent Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi Doç. Dr. Can Alkan, AA muhabirine açıklamalarda bulundu.
Genom dizi analizini çabuklaştırma ve ucuzlatma potansiyeline eş teknolojiyi yetiştirmek düşüncesince Horizon Europe programından 3 milyon Avro dayanak noktası aldıklarını kail Alkan, şu detayları verdi:
"Proje, Horizon 2020 programının devamı niteliğindeki AB'nin araştırı ve inovasyon programı Horizon Europe programı kapsamında, Bilkent Üniversitesi'nin ilk bağış desteği. Proje, Avrupa İnovasyon Konseyi'nin araştırı ekiplerine 'çığır açıcı ortak teknolojiyi kontrolleri yahut geliştirmeleri' düşüncesince dayanak noktası sunan EIC Kılavuz (Pathfinder) programı kapsamında desteklendi."
14 senedir üstünde çalışıyorlardı
Projelerinin dayanak noktası almaya doğruluk kazandığını, fakat bu projeye başvurudan geçmiş diyar dışı ortaklarla bu madde dair 14 senedir emek vermek yaptıklarını, bellekte el işi teknolojileri dair arsıulusal yayınlarının bulunduğunu özetleyen Alkan, "Bilgisayar belleklerinde (RAM) el işi teknolojisi dünyada da baş döndürücü yeni, halen geliştiriliyor. Şu anda gidip ortak yerden satın alabileceğiniz ortak uygulayım bilimi de değil. Bu dünkü teknolojide, işlemcide yapılabilecek işlemlerin ortak kısmı, hafızanın dair ek ortak devir ile yapılabiliyor. Bu uygulayım bilimi düşüncesince birtakımı şişman şirketlerle ortaklık de yapıyoruz." diyerek konuştu.
Biyoenformatikte çoğunlukla beğenilen algoritma ve data yapıları ile dünkü büyümekte bulunan bellekte el işi teknolojilerini baş başa tasarlamaya odaklanacaklarını ve genom dizi analizinde maliyet, erke ve devir tasarrufu açısından en faziletli faydayı elde etmeyi hedeflediklerini bildiren Alkan, "BioPIM projesi, dokunmabana müdahale edinmek az daha hastalıklara illet bulunan mutasyonların keşfi, metagenomik, nüfus genetiği ve mukayeseli genomik analiz, transkriptom profilleme ve Kovid-19, Ebola ve Zika denli müstevli rahatsızlıkların takip edeni müdahale edinmek az daha hepsi genom ve transkriptom çalışmalarını etkilemeyi amaçlıyor." ifadesini kullandı.
5-10 dakika zarfında Kovid-19 modifikasyon tespiti
Can Alkan, hepsi insanoğlu genomu dizilemesinin ve dizi analizinin bugünlerde ortak dü gündüz sürebildiğine dikkati çekerek, şu halde bitmeme etti:
"Geliştirmeye başladığımız uygulayım bilimi ile genom dizi analizini hareketli bilgisayarlarda baş döndürücü şimdi çabuk gerçekleştirmek az daha yola çıktık. Yeni uygulayım bilimi ile Kovid-19, Ebola ve Zika denli müstevli rahatsızlıkların takip edeni ve tanısından kalıtım bilimi hastalıklara illet bulunan mutasyonların keşfine denli hepsi genom çalışmalarının, familya hekimlerine, havaalanlarına ve sunuculara erişimin çetince bulunduğu sahalara denli yaygınlaştırılmasını hedefliyoruz. Kovid-19 örneğini ele alırsak, burundan tahsil edilen örnekle virüsün RNA'sını nanopore adlı cihazla okurken elde edilmiş verileri geliştireceğimiz cihazda, eşzamanlı kendisine analiz ederek koyacağız, 15 dakika sonraları gen dizilimi dalında son alacağız. misal tahsil edilen hastada Kovid-19 namına enflüanza denli apayrı ortak virüsün bulunması yerinde bu ayrımı da yapabileceğiz. Bu cihazla gen dizi analizleri ile tanılama süreci bu 5-10 dakikaya düşebilecek. Böylece virüsün ilk çıkmış bulunduğu andan sonraları değişime uğramış bulunduğu varyantları da baş döndürücü çabuk halde belirleme etmeyi hedefliyoruz."
Maliyet 15-20 bin dolardan 500-600 dolara düşecek
Can Alkan, amaçlarının etraflıca devam eden genom dizi analizlerini şimdi ıvır zıvır seyyar cihazlarda şimdi çabuk ve şimdi az canlılık harcayarak gerçekleştirmek olduğuna ayraç ederek, insanoğlu genomu araştırmalarında da yüzdelik 50 dolayında canlılık tasarrufu sağlamayı hedeflediklerini söyledi.
Virüs araştırmalarında ise hepsi genom çalışmalarının, familya hekimlerine, havaalanlarına ve sunuculara erişimin çetince bulunduğu sahalara denli yaygınlaştırılmayı amaçladıklarını bildiren Alkan, "Hatta okulların revirlerinde fark olabilir. Burada amacımız, maliyetleri de düşürmek. Şu anda ortak bireyin insanoğlu genomunun dizi analizini gerçekleştirmek için, 15-20 bin dolarlık anonsör ile ortak hafta müddet harcanıyor. Bunun namına 500-600 dolarlık ıvır zıvır seyyar cihazlarla şimdi çabuk halde bu analizleri yapabilir duruma getirmeyi planlıyoruz." diyerek konuştu.
Cihazın prototipinin ihya süreci 4 yıl
Alkan, teknolojilerinin Kovid-19 denli müstevli hastalıklara etmen bulunan virüs ve bakterilerin tanısı üstünde ne denli tebeddülat yapacağına bağlı şu detayları verdi:
"Boğaz yada burundan tahsil edilen enfeksiyon örneklerinin tanılaması bugünlerde saatler ayrıca eyyam sürerken hapaz içi denli bulunan nanopore aleti bir-iki vakit arasında bundan böyle genom dizisini veriyor. Ancak bu dizinin anlamlandırılması düşüncesince fiyatlı sunucularda ortak dü vakit analiz edilmesi gerekiyor. Bizim geliştirmeyi önerdiğimiz sistemde özelleştirilmiş devir tasarımları ile bellekte işleyerek virüsün, bakterinin şekli karşı detayları vermeyi amaçlıyoruz. Bu beceri rastgele cins dizi analizine uygulanabileceği düşüncesince irsî ve ender rahatsızlıkların tanısı düşüncesince de kullanılabilir fakat az buçuk şimdi etraflıca sürecek ortak işlem. Virüs varyantları da baş döndürücü hızı halde belirleme edilebilir. SMA denli eşsiz rahatsızlıkların da tanısı düşüncesince maliyet ve devir tasarrufu da sağlanabilir."
Projenin 4 sene süreceğini tamlayan Alkan, "Farklı devletlerde 7 ayrı grup, plan düşüncesince çalışıyor. Türkiye'den de projenin yaşama geçmesi düşüncesince dünkü araştırmacılarla çalışıyoruz. 4 sene sonraları hepsi familya hekimlerinde bu maşa olacak diyemem gücün en azından ilk örnek etabını tamamlamış olacağımıza inanıyorum." dedi.
Doç. Dr. Can Alkan, geliştirmenin peşi sıra plan ekibinde de toprak meydan UPMEM ve IBM denli dü ayrı uran kuruluşu ile istihsal döneminin de olacağını laflarına ekledi.
